對於擁有 PayPal 帳戶的買家或以訪客身分使用 PayPal Checkout 的買家完成的交易，如果發生糾紛申訴，則 PayPal 會收取賣家糾紛申訴手續費以管理糾紛申訴調解程序。

在此類交易中，當買家直接向 PayPal 提出索償、買家向其發卡方提出交易退單或向其銀行提出撤銷款項時，便會收取糾紛申訴手續費。 

透過 PayPal Pro 或進階版信用卡及簽帳金融卡處理的交易（有時也稱為「無品牌」交易）不會收取糾紛申訴手續費。 

糾紛申訴手續費金額取決於過去 3 個月內對比你的銷售總額提出索償的百分比率。一般會收取「標準糾紛申訴手續費」，除非你的糾紛比率為 1.5% 或以上，或是你在過去整整三個月內有超過 100 筆銷售交易。如果你屬於上述類別，則須為每宗糾紛申訴繳付「 高額 糾紛申訴手續費」。  

在 PayPal 調解中心提出詢問但未轉為索償者、買家和賣家之間友好和解糾紛申訴者，或以「未經授權的交易」直接向 PayPal 提出索償者，均免收標準糾紛申訴手續費。